基礎化学論文を読むブログ

基礎化学の論文を紹介する自分のための自己満サイトでしたが,権利的にグレーな部分もあるらしいので一旦止めています.

パワポに動く3D分子構造を載せる方法

はい!!こんなめんどくさいことしなくても,最新版のケムドロで簡単に3Dファイルをパワポに挿入できるようになったようです.

 

 

 

パワーポイントに動く3D分子構造を載せたい時があると思います.その方法を英語で載せている研究室HPがあったので,方法を日本語で書きなぐっていきます.

 

載せてくれているのは,アメリカのピュージェットサウンド大学,Boisvert グループです.

 

sites.google.com

 

Gaussianで構造最適化後の方法を書いていきます.Chem3Dとかで分子動力学計算するくらいでいいならば,そのままpdbファイルにでも出力してください.

 

必要なもの

  • VMD (フリー,分子描画ソフト)
  • Avogadro (フリー,Gauss Viewでもたぶんできる)

 

VMDのダウンロードは以下からできます.イリノイ大学アーバナシャンペーン校(一度言ってみたかった)とNIHのやつだから危なくはないんじゃないですかね?保証はできません.

https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD

 

Avogadroは以下から

avogadro.cc

 

方法

基本的な流れ

logファイル→pdbファイル→objファイル

 

  1. すべてのソフトをインストールする.
  2. VMDがインストールされているフォルダを開く.
  3. 以下のBoisvert グループによるZipファイルをダウンロード,解凍した中にある3_VMD_default_settings_file中のvmd.rcを,2で開いたフォルダのvmd.rcと入れ替える.これは分子描画設定(原子や結合)の変更.自分でテキストファイルを操作して変更することも可能.

    drive.google.com

  4. Gaussianで構造最適化したかったらする.logファイルを出力する.
  5. logファイルをAvogadroで開き,pdbファイルとして保存.
  6. VMDを開き,VMD MainのウィンドウでFile→New Moleculeで5で作ったpdbファイルを開く.
  7. VMD MainのウィンドウでRenderを押し,Wavefrontを選択.ファイル名と保存場所を指定してStart Renderingを押して出力を待つ.f:id:photoculty:20220110153611p:plain
  8. パワポの挿入,3Dモデルから出力されたobjファイルを挿入する.
  9. できたよ!!アニメーションで回転とかさせるといいんじゃないでしょうか!!
  10. 研究室ミーティングでドヤァ!!

 

分子軌道をこうやって3Dで動くようにパワポへ埋め込む方法はまだ試していないので,だれかわかったら教えてください.

 

ソフトのウィルスや分子構造が違くて教授に怒られたなど,何か問題が起こっても何も保証はできません.頑張ってください.

この文章はオリジナル部分もあるので,単なる翻訳ではないです.